Η εκπαιδευτική διαδικασία αφορά τον τρόπο που πραγματοποείται το μάθημα καθώς και τις επιλογές σχετικά με την κατάλληλη στρατηγική διδασκαλίας που επιλέγουν κάθε φορά οι εκπαιδευτικοί.
Η εκπαιδευτική διαδικασία στηρίζεται σε σύγχρονες και αποτελεσματικές στρατηγικές διδασκαλίας (διερευνητική μάθηση, ομαδοσυνεργατική διδασκαλία, μάθηση μέσω της τέχνης, συστημική προσέγγιση, διαφοροποιημένη διδασκαλία, βιωματική μάθηση, project). Επικεντρώνεται στη διαδικασία της μάθησης. Οι καθημερινές δραστηριότητες οργανώνονται ώστε οι μαθητές να προσεγγίσουν τη γνώση, το θέμα, την έμπνευση, το πρόβλημα, τη συνθήκη αξιοποιώντας τις προσωπικές, κοινωνικές, γνωστικές και συναισθηματικές τους δεξιότητες.
Κατά την εκπαιδευτική διαδικασία προάγεται η εννοιοκεντρική και διαθεματική προσέγγιση της γνώσης, η βιωματική μάθηση και η οργάνωση μαθησιακών εμπειριών που έχουν νόημα για τα ίδια τα παιδιά. Αξιοποιούνται οι Τεχνολογίες της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας (Τ.Π.Ε.) σε όλες τις μαθησιακές περιοχές. Υποστηρίζεται η χρήση της διαμορφωτικής αξιολόγησης για την οργάνωση της μάθησης και της διδασκαλίας. Τέλος, υιοθετούνται οι αρχές της διαφοροποιημένης παιδαγωγικής αναπτύσσοντας διαφοροποιημένες προσεγγίσεις.
Βάση της εκπαιδευτικής διαδικασίας αποτελεί ο καλός σχεδιασμός και η κατάλληλη διδακτική μεθοδολογία. Στο Ζάννειο Εκπαιδευτήριο έχοντας αξιολογήσει τους τρόπους που φαίνεται να είναι περισσότερο αποτελεσματικοί στη διδασκαλία επιλέγουμε να εφαρμόζουμε αυτούς που αναπτύσσουν τους απαραίτητους γραμματισμούς που πρέπει να έχει ο πολίτης του 21ου αιώνα.
Καλλιεργούνται οι δεξιότητες του επιστημονικού, αισθητικού, τεχνολογικού και περιβαλλοντικού γραμματισμού. Οι μαθητές σε ένα πλαίσιο αλληλεπίδρασης, εκφράζουν την άποψή τους και μοιράζονται σκέψεις, συναισθήματα, πεποιθήσεις. Η εκπαιδευτική διαδικασία εμπλουτίζεται με τις αρχές της έρευνας πεδίου (εκπαιδευτικές επισκέψεις) ώστε η γνώση να αποκτά ουσία και νόημα.