Το Ζάννειο Εκπαιδευτήριο συμμετέχει και οργανώνει συχνά εκπαιδευτικές έρευνες στο πλαίσιο ευρωπαϊκών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων. Με την επιλογή και την προσπάθεια αυτή επιβεβαιώνεται ο σαφής προσανατολισμός στη σύγχρονη παιδαγωγική επιστήμη και η επιδίωξη για εφαρμογή νέων προσεγγίσεων για την εκπαιδευτική διαδικασία.
Η εκπαιδευτική έρευνα προσφέρει στους εκπαιδευτικούς την εμπειρία να προβληματιστούν και να εμβαθύνουν σχετικά με τη διδακτική μεθοδολογία και την ανάπτυξη θεματικών προσεγγίσεων σε ποικίλα πλαίσια. Παράλληλα, τοποθετεί τους εκπαιδευτικούς σε μια διαδικασία προσωπικής ανάπτυξης και επαγγελματικής εξέλιξης, στοιχείο που προσφέρει στο σύνολο της εκπαίδευσης και φυσικά στα παιδιά.
Η εκπαιδευτική έρευνα στο Ζάννειο Εκπαιδευτήριο υποστηρίζεται από την επιστημονική ομάδα του Σχολείου και έχει πολλές αφετηρίες. Έρευνες πραγματοποιούνται με πρωτοβουλία εκπαιδευτικών του Σχολείου, συναδέλφων εκπαιδευτικών, επιστημονικούς υπεύθυνους από το Πανεπιστήμιο κ.α.
